Bóg w Krakowie rozgrywa się współcześnie na tle urokliwego, tajemniczego i mistycznego miasta, w którym śledzimy losy jego mieszkańców: młodego polityka, który otrzymuje korupcyjną propozycję; dziewczyny szukającej miłości; stojącej na rozdrożu prawniczki specjalizującej się w sprawach rozwodowych; drobnego złodzieja pragnącego ukraść relikwiarz z Krwią Pańską; małżeństwa niemogącego doczekać się dziecka; kobiety po przejściach i mężczyzny niepotrafiącego wyzwolić się ze szponów hazardu. Historie, które zostają ukazane na ekranie mówią o wierze, nadziei, przebaczeniu, poświęceniu, miłości i wolności, ale przede wszystkim o tęsknocie człowieka za Bogiem i Jego Miłosierdziem. Siedem epizodów spaja św. Albert Chmielowski, który jest przewodnikiem widza po mistycznym Krakowie.